La montaña en la que se encuentra el Gibralfaro ha desempeñado un papel estratégico desde la época de los fenicios y los romanos. Pero no fue hasta el siglo X cuando Abd al-Rahman III transformó las antiguas ruinas en una fortaleza.
También construyó un faro en el punto más alto de la montaña. El nombre de “Gibralfaro” deriva de dicho faro. Tras la construcción del mismo, la montaña empezó a conocerse como "jabal-faruk" en árabe, que significa "montaña del faro".
En 1340, el rey nazarí Yusuf I amplió la fortaleza y la convirtió en un castillo en toda regla. El Gibralfaro y la Alcazaba, situada justo debajo, estaban conectados por una muralla conocida como la "coracha".
De esa manera, en caso de ataque la familia real podía huir de su residencia en la Alcazaba para ponerse a salvo en el castillo del Gibralfaro. En este sentido, el Gibralfaro funcionaba como un castillo dentro de un fortaleza, contando con el doble de protección.
En 1487, las fuerzas cristianas asediaron Málaga y fueron capaces de conquistar tanto la Alcazaba como el Gibralfaro. Pero no fue fácil. La batalla duró todo el verano.
Tras la victoria, el Rey Fernando el Católico hizo del castillo su residencia temporal y lo incluyó en el escudo de armas de la ciudad.
Hoy en día, desafortunadamente no queda mucho dentro del Gibralfaro. Esto se debe a los graves daños sufridos durante la Guerra de la Independencia Española (1808-1814).
En 1812, cuando las últimas tropas francesas huían de la ciudad, hicieron explotar la mayor parte del castillo. A partir de ese momento, el Gibralfaro continuó deteriorándose lentamente hasta que comenzó su restauración en la década de los 90.